微生物實驗室主要是對微生物的分離、培養(yǎng)、育種、鑒別、形態(tài)、變異、利用、危害等方面進行實驗和研究，食品微生物實驗室主要檢測項目有：酵母、乳酸菌、雙歧桿菌、罐頭商業(yè)無菌、菌落總數(shù)、大腸菌群、霉菌、致病菌（如沙門氏菌、志賀氏菌、溶血性鏈球菌、金黃色葡萄球菌等），應該將實驗室建在遠離生活區(qū)，清潔安靜的場所；要與生產(chǎn)加工車間較近的距離，方便扦樣與檢驗。

實驗室墻壁、天花板和地板光滑、易清潔、防滲漏并耐化學品和劑的腐蝕；實驗臺面防水，并可耐劑、酸、堿、有機溶劑和中等熱度。 整個實驗室通過科學設計，精心施工，使實驗室內形成堅固、無縫、平滑、美觀、不反光、不積塵、不生銹、防潮、、性能優(yōu)良的無菌表面和內殼。

凈化空調系統(tǒng)能夠做到控制實驗室內溫度、塵埃、、有害氣體的濃度和氣流分布，保證室內人員所需新風量和室內合理的氣流流向，并能維持整個食品微生物實驗室合適的梯度壓力和定向流動，實現(xiàn)“無菌環(huán)境保障體系”的目的，減少實驗全過程中一切潛在的感染危險。

環(huán)境參數(shù)：相對于實驗室外部，實驗室內部保持負壓。實驗間的相對壓強以－30Pa～－40Pa為宜，緩沖間的相對壓強以－15Pa～－20Pa為宜。實驗室內的溫、濕度以控制在人體舒適范圍為宜，或根據(jù)工藝要求而定。實驗室內的空氣潔凈度以GB 50073—2001《潔凈廠房設計規(guī)范》中所定義的七級至八級為宜。實驗室人工照明應均勻，不眩目，照度不低于500lx。