無菌定義是要求沒有活體微生物的存在，為了達到無菌車間內沒有活體微生物，無菌車間在產品制造過程中需要采取各種方法來去除制品中原有的微生物和防止制品受到微生物的污染。

一個普通的無塵凈化車間，會涉及到凈化裝飾、地面、凈化空調與通風系統(tǒng)、冷熱源系統(tǒng)、照明系統(tǒng)、動力系統(tǒng)、通信系統(tǒng)、監(jiān)控系統(tǒng)、自動化控制系統(tǒng)、給排水系統(tǒng)、工藝管道系統(tǒng)等工程。

無菌潔凈車間的內部裝修要求房間圍護結構的空氣密封性好，房內無衛(wèi)生死角，裝修材料表面光潔但不反光、耐壓力而不起塵、易于清潔、不易發(fā)生霉變和長菌、能夠適應各種劑和氣體熏蒸的腐蝕和紫外線照射。

無塵無菌車間內空氣的流動有兩種情況：一種是層流的(即室內一切懸浮粒子都保持在層流層中運動);另一種是非層流的(即室內空氣的流動是紊流的)。裝有一般空調系統(tǒng)的潔凈室，室內空氣的流動屬于非層流(紊流)，既可使空氣中夾帶的混懸粒子迅速混合，也可使室內靜止的微粒重新飛揚，部分空氣還可出現停滯狀態(tài)。

一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環(huán)境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。