最早的顯微鏡是16世紀末期在荷蘭制造出來的。發(fā)明者可能是一個叫做札恰里亞斯·詹森的荷蘭眼鏡商，或者另一位荷蘭科學家漢斯·利珀希，他們用兩片透鏡制作了簡易的顯微鏡，但并沒有用這些儀器做過任何重要的觀察。

后來有兩個人開始在科學上使用顯微鏡。個是意大利科學家伽利略。他通過顯微鏡觀察到一種昆蟲后，次對它的復眼進行了描述。第二個是荷蘭亞麻織品商人安東尼·凡·列文虎克（1632年-1723年），他自己學會了磨制透鏡。他次描述了許多肉眼所看不見的微小植物和動物。